Para a maioria dos donos de LLC, você não se paga um salário. Você transfere dinheiro da conta da LLC para a sua, e é tributado sobre o lucro da LLC, não sobre o valor que transferiu. Qual regra se aplica depende de como o IRS classifica a LLC.
Uma LLC de um só membro é uma entidade desconsiderada (disregarded entity), a menos que tenha optado por outra coisa. O lucro dela vai no seu próprio Formulário 1040, normalmente no Schedule C, e o IRS diz que o dono deve o imposto sobre trabalho autônomo (self-employment tax) sobre ele da mesma forma que um empresário individual. Tirar o dinheiro, o que normalmente se chama de retirada do dono (owner's draw), não é um evento tributável separado nem uma despesa da empresa.
Uma LLC com dois ou mais membros é uma sociedade (partnership) por padrão. O IRS é direto sobre isso: sócios não são empregados e não devem receber um Formulário W-2. Eles são pagos por meio de distribuições ou pagamentos garantidos, informados no Schedule K-1 que sai do Formulário 1065 da LLC.
Só se a LLC tiver optado por ser tributada como corporação é que um dono que trabalha nela se torna seu empregado, recebendo salários pela folha de pagamento. O IRS espera que essa remuneração seja razoável pelos serviços prestados, e pode ajustar as duas declarações se um diretor (officer) for pago de menos.
Nos dois primeiros casos nada é retido do que você tira, então o imposto é pago por meio de pagamentos estimados. O IRS divide o ano em quatro períodos de pagamento e pode cobrar uma multa por pagar de menos em qualquer um deles, mesmo que no fim você tenha restituição a receber. O imposto sobre trabalho autônomo é de 15,3%, 12,4% para a Previdência Social (Social Security) e 2,9% para o Medicare, quando os ganhos líquidos chegam a $400.
Se você mora fora dos EUA e é o único dono da LLC, ela continua desconsiderada, mas o IRS a trata como corporação para um único fim: informar as transações com você. O dinheiro que você coloca e o dinheiro que você tira devem ser informados no Formulário 5472, apresentado junto com um Formulário 1120 pro forma, em todo ano em que ocorrerem.